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1、 新疆医科大学基础医学院成立于1999年1月其前身为基础医学部。

2、新疆医科大学的前身新疆医学院1956年建成开院时只设临床医学系，因此基础医学各教研室（组）直接归教务处管理。

3、随着办学规模的不断扩大，1984年成立基础医学部，1998年新疆医学院、新疆中医学院合并成立新疆医科大学以后，1999年11月成立基础医学院。

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