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1、 新疆医科大学高等职业技术学院的前身是新疆卫生厅职工医科大学，创建于1957年。1957年，成立了新疆卫生干部进修学校。1958年，在新疆卫生干部进修学校的基础上成立了新疆卫生厅职工业余医科大学。1994年，更名为新疆卫生厅职工医科大学。学院共享新疆医科大学师资、实验室、实习基地、图书等优质教育资源，是新疆医科大学21个院、系、部之一。 

2、 2019年4月，新疆医科大学坚决贯彻自治区人民政府的指示与巴州人民政府积极展开合作，签订《新疆医科大学 巴音郭楞蒙古自治州人民政府合作办学框架协议》，新疆医科大学高等职业技术学院整体搬迁至巴州库尔勒市。2019年8月31日在巴州正式揭牌，9月16日第一批学生正式入学。学院首批护理学、药学、医学检验技术、医学影像技术四个专业近千名新生在库尔勒校区报到，报到率达到近95%。 

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